La radiobiología, que estudia el efecto de la interacción radiación-materia en sistemas biológicos, es un área fundamental para la optimización del tratamiento del cáncer por radioterapia. Una de las técnicas más utilizadas en radiobiología son los ensayos clonogénicos (o de formación de colonias), que buscan medir la pérdida en la capacidad de división celular en una célula tumoral después de haber sido tratada con radiación ionizante. El análisis de los datos obtenidos por esta técnica requiere del conteo de las colonias formadas a partir de cientos de células inicialmente irradiadas y cultivadas. Aunque existen algunos sistemas automáticos para el conteo de colonias, estos son en general muy costosos y/o sólo parcialmente automáticos. Por esta razón, en la mayoría de los casos el conteo se realiza de forma manual, haciendo de éste un proceso tedioso e impreciso. Para solucionar este problema, radiobiólogos, ingenieros y estudiantes de ingeniería biomédica y medicina de tres universidades, se unieron para desarrollar una estrategia que facilite la obtención de los datos de los ensayos clonogénicos. En este trabajo se presenta un nuevo método automático para el conteo de colonias de ensayos clonogénicos, basado en técnicas de procesamiento de imágenes. Se compararon los resultados obtenidos con el sistema automático con conteos manuales para verificar la calidad y precisión del método propuesto. Con esta nueva técnica, se espera aportar al desarrollo de soluciones prácticas en el ámbito radiobiológico, que ayuden a mejorar la obtención de datos experimentales conducentes a proponer soluciones, desde el laboratorio, a problemas de salud en el área de la radio-oncología.