Consecuente con el principio de complejidad en el que el conocimiento desagregado de las partes no garantiza el conocimiento del todo, la investigación en la Facultad de Ingeniería de la Universidad Autónoma del Caribe no se puede aislar del resto de funciones sustantivas de la universidad. Para ello promueve el fortalecimiento de una cultura investigativa e innovación en el marco de los Procesos de Autoevaluación de Alta Calidad mediante la articulación de los procesos de Docencia, Investigación, Innovación, extensión y Visibilidad Nacional e Internacional.  Incorpora de manera sistemática y continua los avances y descubrimientos científicos y tecnológicos a través de una estructura organizacional, un modelo de gestión de la investigación y procesos que facilitan el fomento, generación y proyección de la investigación en el ámbito local, regional, nacional e internacional.

Es así como la Universidad Autónoma del Caribe concibe en su nuevo PEI el desarrollo de sus funciones misionales desde el ámbito de la internacionalización, la interacción entre estas funciones y la gestión universitaria. Resalta la interacción de la investigación con las otras funciones misionales, a través de la articulación de las diferentes áreas del conocimiento que permita la investigación interdisciplinaria, el fomento de la movilidad académica de docentes y estudiantes tanto en pregrado como en posgrado, de manera de responder a la necesidades regionales, que genere entre otros, productos tales como modelos de utilidad y patentes que incorporen conceptos de sostenibilidad.

De acuerdo a lo anterior, los procesos de investigación, innovación y transferencia en la Facultad de Ingeniería están debidamente articulados con los propósitos misionales de investigación, docencia y proyección social, a partir de los Lineamientos gubernamentales del MEN (Ministerio de Educación Nacional) y de los aspectos presentes en el CNA propendiendo por la visibilidad nacional e internacional de la Facultad y el desarrollo integral de la comunidad educativa.

Uno de los aspectos relevantes en la investigación en la Facultad de Ingeniería propende por la consolidación de criterios, estrategias y actividades de investigación en la comunidad académica y científica que favorezca la formación investigativa mediante mecanismos de integración y valoración de las estrategias pedagógicas (proyectos de aula, protocolos, estudios de caso, etc.) fomentando la divulgación de avances y resultados de investigación e innovación para el fortalecimiento de capacidades de estudiantes, docentes e investigadores así como de las líneas y grupos de investigación en contexto con el nuevo modelo de Colciencias.

Así mismo otro aspecto importante consiste en propender por la consolidación de la investigación básica y aplicada, para ello, la coordinación de investigación de Facultad de Ingeniería y los programas adscritos a la facultad con la participación de grupos  de investigación, semilleros, estudiantes de maestría y jóvenes investigadores, se vienen apoyando en el desarrollo de proyectos de investigación (I+D+i), con participación en convocatorias internas y promoviéndose además la participación en convocatorias con fuentes de financiación externa.