Los sistemas de tratamiento de aguas residuales no domésticas tienen como objetivo principal la estabilización y remoción de cargas orgánicas e inorgánicas. En este estudio se evaluó, mediante tres muestreos realizados entre los meses de mayo y octubre, el sistema de tratamiento de aguas residuales de una industria de bebidas no alcohólicas. Las muestras fueron tomadas en Homogeneizador y Ecualizador, Biofiltro y Lodos Activados, con intervalos de 30 minutos durante 8 horas de producción. Se observaron variaciones significativas en los tres instantes de tiempo en los parámetros DQO, DBO₅ y COT. Para este escenario de la industria de bebidas no alcohólicas las mediciones dieron como resultado los siguientes valores promedio en los tres muestreos: DQO 1430.3 mg/L, DBO₅ 613.08 mg/L y COT 677.1 mg/L. En cuanto al comportamiento microbiológico se encontró que las comunidades representativas que hacen parte del tratamiento son heterótrofos en un rango de 10⁵ a 10⁹ UFC/mL, hongos y levaduras con una concentración mayor en el muestreo previo al mantenimiento y lavado del sistema realizado en el mes de mayo, con diferencias de hasta 2 unidades logarítmicas, y Pseudomonas que se encontraron como la población en menor concentración con valores del orden de 10³ a 10⁷ UFC/mL. Esto evidencia la gran diversidad microbiana que se encuentra en este tipo de sistemas y la variación que tiene la concentración de microorganismos dependiendo de operaciones de mantenimiento y limpieza y del tipo de materia prima que se utilice en el proceso, afectando las remociones de COT.