El río Magdalena es considerado el principal afluente del país donde habita el 80% de la población colombiana en su cuenca y se produce el 85% del PIB nacional, aproximadamente. En la investigación se evaluó su calidad microbiológica de un tramo comprendido entre el sitio de captación de los acueductos de los municipios de Girardot y Nariño, en la provincia del Alto Magdalena, departamento de Cundinamarca, en una longitud aproximada de 32 kilómetros donde se usa esta fuente hídrica para abastecimiento humano, pesca, riego, turismo y recreación en balnearios y deportes náuticos; realizándose muestreos de agua de este río en cuatro puntos establecidos en dos diferentes temporadas (seca y de lluvia) durante el año 2016, para determinar la concentración de coliformes totales y fecales (E-coli) en NMP/100ml.

Los resultados variaron dependiendo del punto de toma de muestra, siendo crítica luego de la desembocadura del río Bogotá y aupado en múltiples descargas de aguas residuales provenientes de los sistemas de alcantarillado urbanos de Girardot (Cundinamarca), Flandes y Coello (Tolima). Aguas abajo y hacia el sitio de captación del acueducto de Nariño, se disminuye esta contaminación, producto del proceso de autodepuración que posee el río Magdalena en una longitud superior a los 20 kilómetros, siendo un evento de carácter natural donde en temporada seca se presenta mayor degradación de materia orgánica, mientras que en temporada de lluvia la precipitación contribuye con la recuperación de oxígeno disuelto. Según la normativa nacional e internacional acogida, la calidad microbiológica del agua presenta dificultad para su potabilización mediante sistemas de tratamiento convencional, requiriéndose además de procesos físico–químicos rigurosos, otros no convencionales que coadyuven a ello. La temporada seca implica el mayor riesgo a contaminación microbiológica por la disminución de la precipitación, y por ende del caudal del río Magdalena, presentando concentraciones superiores de coliformes totales y fecales, con relación a la temporada de lluvia.